Programa facturación fisioterapeutas: IVA exento y Verifactu

Publicado el 12/10/2026 · Actualizado el 22/10/2026

Si eres fisioterapeuta autónomo o tienes una clínica pequeña, tu facturación tiene una particularidad que muchos programas genéricos no explican bien: la mayoría de tus sesiones van exentas de IVA, pero no todas, y la factura tiene que decirlo. Además, estar exento de IVA no te libra de Verifactu. En esta guía tienes cuándo se aplica la exención y cuándo el 21 %, una factura exenta de ejemplo, qué debe hacer tu programa y los precios oficiales de varias opciones genéricas, consultados hoy.

Actualización del 6 de octubre de 2026: Hacienda anunció el 5 de octubre que aplazará Verifactu hasta octubre de 2028. Aún no está en el BOE: hasta entonces siguen vigentes las fechas de 2027 (calendario de Verifactu). Qué se sabe y qué cambia para ti: Verifactu aplazado a 2028.

Metodología y transparencia: esta guía se basa en la Ley del IVA (Ley 37/1992), el Reglamento de facturación (RD 1619/2012), el reglamento de sistemas de facturación (RD 1007/2023), la Ley 44/2003 de profesiones sanitarias, el manual de la aplicación gratuita de la AEAT y las páginas oficiales de precios de cada fabricante, consultados el 12 de octubre de 2026. No hemos usado estos programas con una cuenta real ni comprobado cómo configuran la exención: lo que cuenta cada fabricante debes confirmarlo en su documentación o en el periodo de prueba. No tenemos enlaces de afiliado ni acuerdos comerciales con ningún fabricante.

Respuesta rápida: la fisioterapia dirigida al diagnóstico, prevención o tratamiento de enfermedades está exenta de IVA por el artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992, pague quien pague (el paciente, una mutua o una empresa). Aun así debes emitir factura y en ella indicar la exención, por ejemplo «Operación exenta de IVA, art. 20.Uno.3.º Ley 37/1992». Los servicios sin finalidad terapéutica (masaje de bienestar, estética, cursos) suelen tributar al 21 %. Y si facturas con programa, Verifactu te afecta igual aunque no cobres IVA. Busca un programa que te deje marcar líneas exentas con su causa, mezclar líneas exentas y gravadas, llevar series por centro o cliente y facturar a mutuas. Entre los genéricos, la app gratuita de la AEAT cuesta 0 € y tiene campo de causa de exención; Contasimple tiene plan gratis de 12 documentos al año; Quipu Starter cuesta 168 € al año con facturas ilimitadas.

IVA exento o gravado: qué dice el artículo 20.Uno.3.º de la Ley del IVA

El artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992 declara exenta «la asistencia a personas físicas por profesionales médicos o sanitarios, cualquiera que sea la persona destinataria de dichos servicios», y precisa que la exención comprende las prestaciones relativas al diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades. Los fisioterapeutas son profesionales sanitarios según la Ley 44/2003 de ordenación de las profesiones sanitarias (artículo 7.2.b).

Servicio	Tratamiento habitual en IVA	Matiz
Sesión de fisioterapia para tratar o rehabilitar una lesión o dolencia	Exenta (art. 20.Uno.3.º)	Da igual que pague el paciente, una mutua, una aseguradora o una empresa
Fisioterapia preventiva con finalidad sanitaria (por ejemplo, prevenir la recaída de una lesión)	Exenta	La ley incluye expresamente la prevención
Masaje de relajación o bienestar sin finalidad terapéutica	Gravado, en general al 21 %	Lo que cuenta es la finalidad del servicio, no el título de quien lo presta
Tratamientos estéticos	Gravado, en general al 21 %	Si no hay diagnóstico, prevención o tratamiento de una enfermedad, no encaja en la exención
Cursos, talleres o formación a empresas	Gravado salvo que encaje en otra exención	Consulta a tu asesor si das formación reglada
Venta de productos (material, cremas, vendajes)	Gravada al tipo que corresponda a cada producto	No es asistencia sanitaria

El tipo general del 21 % lo fija el artículo 90 de la misma ley. Ten en cuenta otra consecuencia de la exención: no repercutes IVA en esas sesiones, pero tampoco puedes deducir el IVA que pagas en las compras ligadas a ellas. Si combinas servicios exentos y gravados, tu asesor te dirá cómo aplicar la deducción. Los casos frontera (pilates, punción seca dentro de un tratamiento, readaptación deportiva) dependen de la finalidad concreta: confírmalos con tu asesor.

Ejemplo de factura exenta de IVA

Estar exento no te ahorra la factura: el Reglamento de facturación (RD 1619/2012), en su artículo 3.1.a, dice que en general las operaciones exentas por el artículo 20 no obligan a facturar, salvo varias que enumera, entre ellas las del 20.Uno.3.º. Y el artículo 6.1.j exige que la factura incluya una referencia al precepto de la ley o la indicación de que la operación está exenta.

Ejemplo ficticio de una fisioterapeuta autónoma que factura a un paciente particular:

En la factura	Por qué
Factura n.º 2026-F-0142	Número y serie correlativos (art. 6.1.a)
Fecha de expedición: 12/10/2026	Art. 6.1.b
Emisora: Laura Gómez Pardo, NIF 00000000T, C/ Ejemplo 3, 41001 Sevilla	Datos del emisor
Paciente: Javier Ruiz Sanz, NIF 00000001R, C/ Muestra 8, 41002 Sevilla	Datos del destinatario (factura completa)
Sesiones de fisioterapia para rehabilitación de rodilla, 4 × 40,00 € = 160,00 €	Descripción, precio unitario y base
«Operación exenta de IVA, art. 20.Uno.3.º Ley 37/1992»	Mención obligatoria de la exención (art. 6.1.j)
IVA: 0,00 € · Total a pagar: 160,00 €	No se repercute IVA
Código QR y, si aplica, «VERI*FACTU»	Cuando estés obligado a usar un sistema adaptado a Verifactu

En la descripción basta con identificar el servicio; no hace falta detallar el diagnóstico en la factura. Si facturas a una empresa, una clínica o una mutua, revisa si debe practicarte retención de IRPF (los fisioterapeutas son profesionales y, al facturar a empresas o autónomos, suelen llevar retención): lo explicamos en retención de IRPF en facturas. Una factura con líneas exentas y gravadas a la vez, campo a campo, en datos obligatorios de una factura; los pasos desde cero, en cómo hacer una factura como autónomo, y para cuadrar importes, la calculadora de factura.

Verifactu te afecta igual aunque estés exento de IVA

Es una confusión frecuente: exención de IVA no es exención de Verifactu. El RD 1007/2023 se aplica a quien expide facturas con un sistema informático, y como tus facturas de fisioterapia son obligatorias, el programa con el que las emitas deberá generar los registros de facturación con su huella y el QR. Los supuestos que de verdad quedan fuera (SII, territorios forales, facturación solo a mano…) están en quién está exento de Verifactu, y la exención de IVA no es uno de ellos.

Fechas vigentes: el Real Decreto-ley 15/2025 fijó el 1 de enero de 2027 para los contribuyentes del Impuesto sobre Sociedades (por ejemplo, una clínica constituida como S.L.) y el 1 de julio de 2027 para el resto, incluidos los autónomos. El aplazamiento a 2028 anunciado por Hacienda aún no está en el BOE. Qué te toca como autónomo, en Verifactu para autónomos; y si tu programa puede funcionar sin enviar los registros en el momento, en modalidad No Verifactu.

La factura electrónica B2B es otra obligación distinta: nace de la Ley 18/2022 y el RD 238/2026, y afecta a las facturas entre empresas y profesionales (por ejemplo, las que emites a una mutua o a una clínica), no a las de pacientes particulares. Las fechas son el 6 de octubre de 2027 para empresas que facturan más de 8 millones de euros y el 6 de octubre de 2028 para el resto; para los autónomos, la comunicación de los estados de pago llega el 6 de octubre de 2029 según la Orden HAC/1028/2026. Detalle en factura electrónica para autónomos.

Qué debe hacer bien tu programa si eres fisioterapeuta

Líneas exentas con su causa. Poder marcar cada servicio como exento, elegir la causa (artículo 20) y que la mención aparezca impresa en la factura. Como referencia, la aplicación gratuita de la AEAT incluye en cada línea un campo de «causa de operación exenta», según su manual de emisión de facturas.
Mezclar exento y gravado. Una sesión exenta y un producto o un masaje al 21 % en la misma factura, con la base de cada uno separada.
Catálogo de servicios con su tratamiento fiscal ya configurado, para no tener que elegir la exención factura a factura.
Series por centro, por tipo de cliente (pacientes, mutuas, empresas) o por año, y serie propia de rectificativas.
Mutuas, aseguradoras y empresas: facturar al pagador aunque el paciente sea otro, aplicar retención de IRPF cuando toque y, más adelante, emitir factura electrónica B2B.
Bonos y facturas recurrentes si vendes paquetes de sesiones.
QR y registros de Verifactu con la declaración responsable del fabricante para la versión que usas. Cómo comprobarlo, en cómo saber si tu programa cumple Verifactu.
Datos de salud protegidos. Si el programa guarda historia clínica, son datos de categoría especial del RGPD (artículo 9): pregunta dónde se alojan y qué medidas aplica el proveedor.

Programas genéricos: precios y Verifactu publicados (12/10/2026)

Estos programas no son específicos de fisioterapia, pero publican precios y su postura sobre Verifactu. Lo que figura en la tabla es lo que dice cada fabricante en su web el 12 de octubre de 2026; ninguno de ellos explica en su página de precios cómo configura la exención del artículo 20, así que compruébalo en la prueba gratuita antes de contratar.

Programa	Plan de entrada publicado	Límite	Verifactu, según el fabricante
App de la AEAT	Gratis	Sin límite de facturas; no emite facturas simplificadas (todas llevan destinatario) ni admite varios destinatarios	Envía los registros a la AEAT (VERI*FACTU); campo de causa de exención por línea
Contasimple	Básico 0 €; Profesional 12,95 €/mes en pago trimestral o 10,95 €/mes en anual; Ultimate 19,95 €/mes o 15,95 €/mes (IVA no incluido)	12 documentos/año (Básico), 500 (Profesional), ilimitados (Ultimate); cuentan facturas, gastos, presupuestos y albaranes	Declaración responsable publicada; su página dice que, tras actualizar, el cliente elige entre sistema Veri*Factu o exento si cumple las condiciones
Holded	Plus 15 €/mes; Básico 29 €/mes (IVA no incluido; 50 % de descuento los 3 primeros meses)	250 facturas/año (Plus), 1.000 (Básico)	«Todos los planes incluyen Verifactu», según su página de precios
Quipu	Starter 17 €/mes o 168 €/año (la página no aclara si incluye IVA)	Facturas y presupuestos ilimitados	Declaración responsable de Quipu App v5.64.0 (29/07/2025): solo funciona como VERI*FACTU
Factusol	Configurador: desde 21,00 € (nube) o 27,00 € (local)	Programa Windows; precio según soporte, usuarios y empresas	Declaración responsable publicada; anuncia QR y envío a la AEAT

Fuentes: Contasimple, Holded, Quipu, Factusol y AEAT, consultadas el 12/10/2026. En Factusol, el primer paso del configurador muestra el importe «desde» sin detallar la periodicidad, que depende de la renovación y el soporte que elijas: no lo hemos podido confirmar, así que míralo en su configurador. Holded y Factusol anuncian promociones temporales; los precios pueden cambiar.

Si emites pocas facturas al mes, la app de la AEAT o el plan gratis de Contasimple pueden bastarte (ver Verifactu si facturas poco). Si atiendes a muchos pacientes, el límite de documentos pesa más que el precio: compara con facturas ilimitadas. Más opciones en la comparativa de programas compatibles con Verifactu y en el recomendador en 6 preguntas. Si eres psicólogo, o compartes centro con uno, su caso (terapia frente a coaching) está en Verifactu para psicólogos.

Software específico de clínicas de fisioterapia

Existen programas de gestión para clínicas que combinan agenda, historia clínica, bonos y facturación. No recomendamos ninguno en concreto, porque no hemos verificado la declaración responsable de Verifactu de cada uno. Si te interesa uno, pide al proveedor por escrito:

¿Puedo marcar servicios como exentos de IVA por el art. 20.Uno.3.º y que la mención salga en la factura? ¿Y mezclarlos con servicios al 21 % en la misma factura?
¿Puedo facturar a mutuas, aseguradoras y empresas con retención de IRPF, y a pacientes particulares sin ella?
¿La factura sale de la agenda (cita → sesión → factura) sin teclear dos veces? ¿Gestiona bonos de sesiones?
¿Tenéis publicada la declaración responsable de Verifactu de la versión que voy a usar? ¿En qué modalidad funciona (VERI*FACTU o No Verifactu)?
¿La factura lleva el código QR y puedo exportar mis facturas y registros si me voy?
¿Cómo pensáis cumplir la factura electrónica B2B para mis facturas a mutuas y empresas?
¿Dónde se alojan los datos de salud de mis pacientes y qué medidas de seguridad aplicáis?

Checklist antes de elegir programa

Has separado tus servicios exentos (asistencia sanitaria) de los gravados (bienestar, estética, cursos, productos).
El programa imprime la mención de exención y permite líneas exentas y gravadas en la misma factura.
Su límite de facturas o documentos cubre tu volumen anual de pacientes.
Puedes facturar a mutuas y empresas con retención de IRPF.
El fabricante publica la declaración responsable de Verifactu de la versión que vas a usar.
Puedes exportar tus facturas en PDF y en un formato abierto, por si cambias de programa (ver cómo cambiar de programa de facturación).
Has probado una factura exenta de ejemplo en el periodo de prueba antes de pagar.

Preguntas frecuentes

¿Tengo que hacer factura si la sesión está exenta de IVA?

Sí. El artículo 3.1.a del Reglamento de facturación exime de facturar muchas operaciones exentas, pero excluye expresamente las del artículo 20.Uno.3.º de la Ley del IVA: la asistencia sanitaria de profesionales debe facturarse.

¿Qué frase pongo en la factura?

Una referencia al precepto o la indicación de que está exenta, por ejemplo: «Operación exenta de IVA, art. 20.Uno.3.º Ley 37/1992». Lo exige el artículo 6.1.j del Reglamento de facturación.

Si facturo a una mutua o a una empresa, ¿sigue exenta?

El artículo 20.Uno.3.º dice «cualquiera que sea la persona destinataria», así que la exención no depende de quién pague, siempre que el servicio sea asistencia sanitaria a una persona física. Lo que sí puede cambiar es la retención de IRPF, que se aplica cuando facturas a empresas o profesionales.

Estoy exento de IVA, ¿me libro de Verifactu?

No. Verifactu depende de cómo emites las facturas (con programa o a mano), no de si llevan IVA. Las fechas vigentes son el 1 de julio de 2027 para autónomos y el 1 de enero de 2027 para sociedades, pendientes del aplazamiento anunciado.

¿Me sirve la app gratuita de la AEAT?

Puede servirte si facturas siempre a un destinatario identificado y no necesitas agenda ni bonos: no tiene límite de facturas y permite indicar la causa de exención. No emite facturas simplificadas y solo gestiona las facturas dentro de la propia aplicación. Sus límites, en la app gratuita de la AEAT.

Registro de cambios

Fecha	Cambio
12/10/2026	Publicación con fuentes oficiales (BOE y AEAT) y precios de las webs de los fabricantes consultados ese día.

Fuentes

Aviso: contenido informativo que no constituye asesoramiento fiscal ni jurídico. Revisado el 12 de octubre de 2026 con fuentes oficiales (AEAT y BOE) y las webs de los fabricantes. Los precios y la normativa pueden cambiar: consulta a un asesor fiscal para tu caso concreto. Más información en nuestra metodología editorial.